從人類的思想和情感誕生的e-脈沖（e-Pulse），被作為AI輔助設備輔助蛋（Sapotama）的能量源被運用。在社會獲得顯著發展的背后，恐怖的怪物出現了。吞噬e-脈沖進化的生命體“數碼獸”。天馬友郎因與突然從輔助蛋中現身的壁虎獸相遇，被卷入了非日常的世界。在與以賺取賞金為生計的“閃耀黎明”（Glowing Dawn）團隊的澤城京等人共同生活的過程中，天馬友郎重新下定了決心。人類與數碼獸將共同描繪的全新未來究竟是什么…