已經迎來了宇宙開拓時代的人類，組成了為開采在宇宙行星的資源進行支援的戰斗組織[ZAP SPACY] 。　　『超級銀河—大怪獸亂斗』正是以[ZAP SPACY]的宇宙運輸船船員們而展開的故事。　　船員們更改了當初的航行計劃，并駛向了宇宙的邊境行星——波利斯。　　不久到達波利斯的4名隊員，而等待著他們的卻是波利斯已被荒廢的慘狀。4人正準備調查此事時，面前卻出現了人類認定已經滅亡了的怪獸!!!　　就在同一時刻,駕馭怪獸的青年也出現了!而他的目的又是什么呢......?