持續旅行的小智一行人，來到了被豐富自然的河川環繞的城鎮米季納。這個城鎮里擁有數千年前的遺跡，小智等人在巨大的巖山上朝遺跡前進。在巨大的巖山上朝遺跡前進。突然，遺跡附近的湖刮起了水龍卷并向小智等人逼近，就在快被龍卷風卷入時，隨著「帝牙盧卡，拜托了！」的聲音出現了一名女性。下一刻，撕開空間的帝牙盧卡出現了。 這位名叫「希娜」的女性，是遺跡的守護者，擁有與神奇寶貝心靈相通的能力。在希娜的邀請下，讓小智他們使用時空儀來說明有關帝牙盧卡、帕路奇犽、騎拉帝納的空間，并說起了在米季納關於被稱為誕生一切的幻之神奇寶貝「阿爾宙斯」的古老傳說……