延續賣座第一集《馬達加斯加》，流落荒島的獅子艾利克斯與斑馬等一行人，決定改造廢棄于樹頭上的飛機離開無人島，一開始還算順利，一群動物們在飛機上開心慶祝即將回到五光十色的紐約，但隨即墜落于大草原來到動物天堂「非洲」，不單如此，獅子艾利克斯在這里遇上了同類，卻因為久居動物園失去溝通的本能，這一群十足觀光客的外國動物，要如何融入環境？又是否能回到紐約，搞出多少笑料？