這里是人、神、魔等種族共同生活的神秘世界，密斯塔爾希亞。過去，黑銀之翼的巴哈姆特曾幾乎令這個世界毀滅，但人，神，魔三族共同戰斗，作出了巨大的犧牲后，終于把它的力量封印了起來。接著，神與魔兩方分別保存著封印鑰匙的一半。二千年以后，世界始終和平安寧。不知從什么時候起，人類將巴哈姆特當作了獨一無二的尊貴存在，畏懼并崇拜它。某一天，一位少女奪走了保護嚴密的神族的鑰匙。世界的均衡漸漸被打破。當巴哈姆特再次發出吼聲之時，世界再次落入絕望的深淵。“世界啊，毀滅吧！”某個聲音如此懇求著....